Kodėl defragmentuojami ne visi skirsnyje esantys failai? Darbo pabaigoje programa parodo pranešimą: „Some files on this volume could not be defragmented. Please check...“ Defragmentavimo programa negali tvarkyti tuo metu naudojamų ir tam tikrų sisteminių failų, taigi jei bandėte defragmentuoti sisteminį skirsnį, toks pranešimas yra labai tikėtinas. Jei tvarkėte nesisteminį skirsnį, įsitikinkite, kad buvote išjungęs visas pašalines programas. Bet koks duomenų rašymas į diską defragmentavimo metu trikdys defragmentavimo programos darbą.